Chào bạn, trường hợp này mình thấy điểm lệch nằm ở chỗ tờ khai và sổ chưa được nối với nhau sau tờ khai bổ sung, chứ không phải bạn chưa hạch toán.
Bạn đã làm bút toán năm 2025 để đối trừ công nợ và giảm 1331, tức sổ 2026 đã phản ánh đúng phần thuế của hóa đơn đã hủy. Vì vậy sang quý 3/2026 bạn đừng hạch toán giảm 1331 thêm một lần nữa, nếu không sổ sẽ lệch thêm đúng một lần nữa theo chiều ngược lại.
Phần còn lệch là do tờ khai bổ sung quý 4/2021 chỉ sửa kỳ đó, còn số thuế được khấu trừ chuyển sang các kỳ sau trên tờ khai vẫn đang giữ số cũ. Cách xử lý thực tế là bạn đối chiếu lại: lấy số dư đầu kỳ 1331 trên sổ, đối chiếu với chỉ tiêu thuế còn được khấu trừ đầu kỳ trên tờ khai, chênh lệch đúng bằng thuế của hóa đơn hủy thì bạn đưa đúng số đó vào chỉ tiêu điều chỉnh giảm thuế GTGT còn được khấu trừ kỳ trước trên tờ khai quý 3/2026, rồi mới chốt số cuối kỳ. Sau khi điều chỉnh, tờ khai và sổ sẽ khớp nhau, bạn không cần sửa lại tờ khai các kỳ trung gian.
Bạn nhớ kẹp kèm tờ khai bổ sung quý 4/2021, chứng từ nộp tiền thuế tăng thêm, hóa đơn đã hủy, bút toán và báo cáo tài chính 2025 đã điều chỉnh, kèm một bảng đối chiếu 1331 để khi cơ quan thuế hỏi thì giải trình được ngay. Riêng phần công nợ tồn đọng khác mà cán bộ thuế yêu cầu đưa vào 711 thì bạn tách riêng, đừng gộp chung với bút toán hủy hóa đơn này, vì bản chất hai khoản khác nhau.