Phụ lục IV, đính kèm Thông tư số 39/2014/TT-BTC hướng dẫn chế độ hoá đơn, chứng từ đối với hàng hoá uỷ thác xuất khẩu như sau:
“2.3. Khi xuất hàng hóa để vận chuyển đến cửa khẩu hay đến nơi làm thủ tục xuất khẩu, cơ sở sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm Lệnh điều động nội bộ theo quy định làm chứng từ lưu thông hàng hóa trên thị trường.
Trường hợp uỷ thác xuất khẩu hàng hóa, khi xuất hàng giao cho cơ sở nhận uỷ thác, cơ sở có hàng hóa uỷ thác xuất khẩu sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ. Khi hàng hóa đã thực xuất khẩu có xác nhận của cơ quan hải quan, căn cứ vào các chứng từ đối chiếu, xác nhận về số lượng, giá trị hàng hóa thực tế xuất khẩu của cơ sở nhận uỷ thác xuất khẩu, cơ sở có hàng hóa uỷ thác xuất khẩu lập hóa đơn GTGT, tên người mua ghi tên cơ sở nhận uỷ thác xuất khẩu, dòng thuế suất là 0%. Dưới hoá đơn ghi rõ: Hàng uỷ thác xuất khẩu. Cơ sở có hàng uỷ thác xuất khẩu sử dụng hoá đơn này để kê khai nộp thuế, hoàn thuế GTGT. “
Còn kê khai thuế thì như sau
Đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu là hợp đồng uỷ thác xuất khẩu và biên bản thanh lý hợp đồng uỷ thác xuất khẩu (trường hợp đã kết thúc hợp đồng) hoặc biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa bên uỷ thác xuất khẩu và bên nhận uỷ thác xuất khẩu có ghi rõ: (1)số lượng, chủng loại sản phẩm, giá trị hàng uỷ thác đã xuất khẩu; (2) số, ngày hợp đồng xuất khẩu của bên nhận uỷ thác xuất khẩu ký với nước ngoài; (3) số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng với nước ngoài của bên nhận uỷ thác xuất khẩu; (4) số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán của bên nhận uỷ thác xuất khẩu thanh toán cho bên uỷ thác xuất khẩu;(5) số, ngày tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu của bên nhận uỷ thác xuất khẩu.