Về nguyên tắc, hàng hóa bán vào khu chế xuất phải thực hiện thủ tục hải quan theo quy định, ngoại trừ các trường hợp sau được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan theo khoản 1 Đ 74 , TT 38/2018/TT-BTC
- Hàng hóa là vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng mua từ nội địa để xây dựng công trình, phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp chế xuất;
- Hàng hóa mua, bán, thuê, mượn giữa các doanh nghiệp chế xuất với nhau (hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị của hợp đồng gia công giữa các doanh nghiệp chế xuất thì không phải thực hiện thủ tục hải quan).
- Hàng hóa luân chuyển trong nội bộ doanh nghiệp chế xuất, luân chuyển giữa các doanh nghiệp chế xuất trong cùng khu chế xuất;
- Hàng hóa của các doanh nghiệp chế xuất thuộc 01 tập đoàn/hệ thống công ty tại Việt Nam, có hạch toán phụ thuộc;
- Hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất để bảo hành, sửa chữa/thực hiện một số công đoạn trong sản xuất như: kiểm tra, phân loại, đóng gói, đóng gói lại.