Chào bạn, theo mình trường hợp của bạn không phải khai thuế GTGT vãng lai ở Lạng Sơn.
Căn cứ tiết c.1 điểm c khoản 3 Điều 13 Thông tư 80/2021/TT-BTC: chỉ nhà thầu xây dựng KÝ HỢP ĐỒNG TRỰC TIẾP VỚI CHỦ ĐẦU TƯ để thi công công trình ở tỉnh khác nơi đóng trụ sở chính mới phải khai thuế GTGT với cơ quan thuế nơi có công trình (mẫu 05/GTGT, công trình dưới 1 tỷ gồm VAT thì không phải nộp mẫu này).
Bên bạn ký hợp đồng với công ty A (A mới là bên ký trực tiếp với chủ đầu tư dự án PPP), tức là bên bạn là nhà thầu phụ, không ký với chủ đầu tư, nên không thuộc diện khai vãng lai. Bên bạn cứ xuất hóa đơn cho công ty A và kê khai, nộp thuế GTGT toàn bộ doanh thu này trên tờ khai tại trụ sở chính ở Hà Nội như bình thường.
Lưu ý nhỏ: nếu sau này bên bạn ký thêm hợp đồng hoặc phụ lục trực tiếp với chủ đầu tư thì phần đó phải khai tại Lạng Sơn. Bạn cũng nên giữ kỹ hợp đồng với công ty A để chứng minh khi cơ quan thuế hỏi.