Chào bạn, với doanh nghiệp thì công tác phí không bị bắt buộc theo Thông tư 40/2017/TT-BTC (thông tư này áp dụng cho cơ quan, đơn vị nhà nước), mà chủ yếu dựa vào quy chế tài chính / quy chế chi tiêu nội bộ của công ty.
Vì vậy trong cùng một chuyến công tác, bạn có thể kết hợp: đêm nào nhà nghỉ xuất được hóa đơn thì thanh toán theo thực tế, đêm nào không có hóa đơn thì thanh toán theo mức khoán, miễn là:
- Quy chế của công ty có quy định rõ mức khoán tiền thuê chỗ ở và trường hợp được áp dụng khoán;
- Không thanh toán trùng cả khoán và hóa đơn cho cùng một đêm;
- Có đủ chứng từ: quyết định/giấy cử đi công tác, giấy đi đường có xác nhận nơi đến, bảng kê chi tiết số đêm khoán và số đêm thanh toán theo hóa đơn.
Để được tính vào chi phí được trừ khi quyết toán TNDN thì phần khoán phải đúng mức trong quy chế, và các khoản có hóa đơn từ 5 triệu trở lên thì cần thanh toán không dùng tiền mặt. Bạn nên rà lại quy chế hiện tại, nếu chưa có điều khoản kết hợp này thì bổ sung trước khi áp dụng.