Các anh chị ơi giúp em với ạ? Bên em năm 2015 có xây dựng một công trình mà chủ đầu tư lại ở huyện khác nhưng cùng tỉnh. Giờ chủ đầu tư thanh toán thì có trừ luôn 2% kho bạc giữ lại trước khi chuyển cho đơn vị em. Khoản thuế 2% đó bên em đã kê khai vào chỉ tiêu 39 trên tờ khai thuế GTGT quý. Nhưng giờ cán bộ quản lý thuế gọi điện yêu cầu bên em phải sửa lại và nộp bổ sung tờ khai không hạch toán 2% công trình vào chỉ tiêu 39 trên tờ khai quý và phụ lục 1-5 mà chỉ theo dõi trên sổ sách kế toán làm như thế có đúng không ạ. Vì từ trước tới giờ các công trình khác bên em vẫn đưa vào chỉ tiêu 39 mà qua bao lần thanh kiểm tra đều ko nói gì. Nếu đúng thì theo thông tư nào ạ? Mong các anh chị giúp em với ạ